A organização interna da FEPC obedece a um modelo de estrutura hierarquizada e compreende o Comando, o Estado-maior, unidades operacionais e unidades especializadas.

O Comando é a estrutura dirigente, responsável pela organização, direção e coordenação da atividade da FEPC. É constituído pelo comandante, pelo 2.º comandante e por três adjuntos de comando.

O Estado-maior é um órgão de assessoria e apoio ao comandante da FEPC, com competência, nomeadamente, na elaboração de estudos, informações, planos, ordens e propostas tendo em vista a preparação e a transmissão da tomada de decisão, bem como a supervisão da sua execução. É composto pelo 2.º comandante, que chefia, pelos adjuntos de comando e pelos comandantes de companhia.

As unidades operacionais da FEPC são compostas por subunidades:

• Companhias, grupos, brigadas e equipas;
• Grupo de Reserva Nacional;
• Grupo de Comando e Serviços.

As companhias da FEPC são distribuídas de acordo com os Comandos Regionais de Emergência e Proteção Civil (CREPC):

• 1.ª Companhia (CREPC do Norte e do Centro) – integra dois grupos de Intervenção;
• 2.ª Companhia (CREPC do Alentejo e do Algarve) – integra dois grupos de intervenção;
• 3.ª Companhia (CREPC de Lisboa e Vale do Tejo) – integra o Grupo de Reserva Nacional e o Grupo de Comando e Serviços.

Os grupos são subunidades operacionais das companhias. As brigadas são subunidades operacionais dos grupos. As equipas são subunidades operacionais das brigadas.

As unidades especializadas são compostas por brigadas de intervenção especializadas:

• Análise e uso do fogo;
• Intervenção em planos de água;
• Resgate em montanha;
• Recuperadores salvadores;
• Aeronaves não tripuladas;
• Telecomunicações de emergência.