A identidade visual da ANEPC procura refletir a sua missão e atividade. O movimento sem-fim das três linhas que compõem o símbolo remete para a ação permanente da Autoridade na prevenção de riscos e resposta a acidentes graves e catástrofes. Utilizando as cores do símbolo internacional de proteção civil, o azul e o laranja, integra ainda a cor verde pela sua ligação simbólica com o ambiente. O círculo que as envolve evoca o papel coordenador da Autoridade no âmbito do Sistema Nacional de Proteção Civil.

O logótipo e símbolos da ANEPC são de seu uso exclusivo, não podendo ser utilizados, no todo ou em parte, salvo expresso​ consentimento, por outras entidades, públicas ou privadas.

Os símbolos de identificação da Autoridade e condições do seu uso encontram-se estabelecidos na Portaria n.º 320/2021, de 28 de dezembro