A origem da Força Especial de Proteção Civil remonta a 2005, na sequência do reforço da coordenação das ações de defesa da floresta contra incêndios, adotando-se uma estratégia de constituição de equipas e brigadas helitransportadas, com o objetivo de combater rapidamente e com elevada eficácia os incêndios na sua fase inicial.

O Serviço Nacional de Bombeiros e Proteção Civil foi então incumbido de constituir e formar um conjunto de bombeiros especializados em combate a incêndios florestais nascentes e em operações combinadas por meio de helicópteros. Foi ainda determinado que, fora do período considerado de maior incidência de incêndios florestais, estes recursos fossem envolvidos em ações de formação e de prevenção. O SNBPC procedeu ao reforço do Dispositivo Especial de Combate aos Incêndios Florestais (DECIF), preparando 6 brigadas helitransportadas, com 14 elementos cada, num total de 84 bombeiros.

Em 2007, é criada a Autoridade Nacional de Proteção Civil, tendo o novo regime jurídico aplicável à constituição, organização, funcionamento e extinção dos corpos de bombeiros vindo permitir a criação e organização de forças especiais para o cumprimento das suas missões. A 6 de agosto é formalmente criada a Força Especial de Bombeiros Canarinhos (FEB) composta por duas companhias operando nos distritos de Beja, Castelo Branco, Évora, Guarda, Portalegre, Santarém e Setúbal.

Em 2019, a Autoridade Nacional de Emergência e Proteção Civil sucede à ANPC, sendo integrada na sua estrutura a Força Especial de Proteção Civil, sucessora da Força Especial de Bombeiros, como corpo de intervenção dotado de comando próprio, especializado na proteção e socorro às populações em situações de emergência, acidente grave ou catástrofe, através de ações de prevenção, de resposta, de apoio ou de recuperação.

Criada com o propósito inicial de integrar equipas helitransportadas de combate a incêndios florestais, a FEPC tem vindo a evoluir na sua missão e capacidades. Atualmente, engloba a resposta a emergências de proteção e socorro, ações de prevenção e combate em cenários de incêndios, acidentes graves e catástrofes, bem como noutras missões de proteção civil, inclusivamente fora do território nacional. Colabora igualmente em formação especializada, ações de sensibilização e divulgação nas áreas de proteção civil e ações de prevenção estrutural.